下っ端研究者のメモ https://ajaja.blog.shinobi.jp/ 研究、バイオインフォマティクス、日常等の備忘録 Mon, 12 Dec 2022 12:06:08 GMT ja © Ninja Tools Inc. 抗生物質

Antibiotics

(abbreviated name)

Stock concentration

Standard working concentration

Solvent

Ampicillin (amp)

100 mg/mL

100 µg/mL

Water

Carbenicillin (cb)

100 mg/mL

100 µg/mL

50% EtOH

Kanamycin (kan)

50 mg/mL

30~50 µg/mL

Water

Chloramphenicol (cm)

34 mg/mL

34µg/mL

EtOH

Tetracycline (tet)

20 mg/mL

20 µg/mL

50% EtOH

Streptomycin (sm)

50 mg/mL

50 µg/mL

Water

Gentamycin (gen)

10 mg/mL

10 µg/mL

Water


]]> medium https://ajaja.blog.shinobi.jp/medium/%E6%8A%97%E7%94%9F%E7%89%A9%E8%B3%AA Mon, 12 Dec 2022 12:06:08 GMT ajaja.blog.shinobi.jp://entry/37 クローニングベクター
PCR産物のクローニングにはTAクローニングをしていたのだけれど、High Fidelity PCR酵素を使うとPCR産物は平滑末端になっているので、Tベクターに入れるには一手間かかるのが面倒です。

平滑末端でもクローニング可能なベクターを使うとクローニング作業の手間が減らすことができます。これまでに試したキットは以下の２つ。

1 Zero Bluntクローニングキット
　　pCR-blunt ベクター (カナマイシン)

2 CloneJET PCR Cloning Kit
　　pJET1.2/blunt ベクター(アンピシリン)

どちらもセレクションに致死遺伝子を用いているため、セルフライゲーションしたプラスミドが入った大腸菌は増殖しない。pJET1.2の方がアンピシリンで選抜できるので、形質転換にかかる時間は短い。ECOSと組み合わせることでかなりクローニング作業に使う時間が短くなった。

なお、どちらもサーモフィッシャーから購入可能。

 

]]> nucleic acid https://ajaja.blog.shinobi.jp/nucleic%20acid/%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%82%B0%E3%83%99%E3%82%AF%E3%82%BF%E3%83%BC Sat, 12 Aug 2017 14:05:33 GMT ajaja.blog.shinobi.jp://entry/36 YPD YPD

酵母の培養に使います。


Yeast extract    1%
Polypeptone     2%
D-glucose         2%

オートクレーブ滅菌する





]]> medium https://ajaja.blog.shinobi.jp/medium/ypd Sun, 19 Jun 2016 10:27:00 GMT ajaja.blog.shinobi.jp://entry/35 AVERAGE AVERAGE関数

=AVERAGE(合計したいセル範囲）

=AVERAGE(B1:B10) とすると、10個のセル (B1~B10) の平均を出してくれる




]]> excel https://ajaja.blog.shinobi.jp/excelexcel/average Sat, 16 Jan 2016 11:15:10 GMT ajaja.blog.shinobi.jp://entry/34 SUM SUM関数

=SUM(合計したいセル範囲）

=SUM(B1:B10) とすると、10個のセル (B1~B10) の合計を出してくれる。




]]> excel https://ajaja.blog.shinobi.jp/excelexcel/sum Sun, 03 Jan 2016 11:17:35 GMT ajaja.blog.shinobi.jp://entry/33 たたかう植物 たたかう植物: 仁義なき生存戦略
稲垣 栄洋 著

動物と違い、芽を出した植物はその場から動くことができない。
そんな植物が、生きていくための戦略をぎゅっと濃縮して紹介してある。

内容は平易で、さらっと読むことができる。
なんとなく植物のことを勉強したくなった僕にはちょうどいい内容。

植物が他の植物の生育を阻害する物質を出していることを本著で初めて知った。アレロパシーというらしい。
除草剤への応用が研究されていたり、連作障害の原因にもなるとのこと。
このような活性を持つ化合物の生合成系がどれぐらいわかっているのかが気になります。

参考文献がのっていないのが残念だが、植物を勉強するための入り口としてはとてもいい本でした。









]]> books https://ajaja.blog.shinobi.jp/books/%E3%81%9F%E3%81%9F%E3%81%8B%E3%81%86%E6%A4%8D%E7%89%A9 Mon, 12 Oct 2015 14:17:54 GMT ajaja.blog.shinobi.jp://entry/32 りん酸バッファー リン酸バッファーの調製法

pH 6.0 - 8.0 で有効

0.1 M リン酸バッファーの場合

0.1 M KH2PO4溶液
0.1 M K2HPO4溶液

をそれぞれ調製。

pHメーターをみながら両溶液を混合し、目的のpHに調製する。




]]> buffer https://ajaja.blog.shinobi.jp/buffering/%E3%82%8A%E3%82%93%E9%85%B8%E3%83%90%E3%83%83%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%BC Fri, 04 Sep 2015 14:57:54 GMT ajaja.blog.shinobi.jp://entry/31 HIghFive 細胞 ① High Five 細胞

High Five (BTI-TN-5B1-4) Trichoplusia ni 由来
細胞はInvitrogenから購入 (10万円オーバー。高い、、、)
培地はExpress Five SFM にFBSを終濃度2%で添加

High Fiveは一般的にSf9よりも異種タンパク質の発現量が高いとされている。特に分泌発現において。
しかし、バキュロウイルスの生産能はSf9におとるため、ウイルスストックはSf9で作製する必要がる。Sf9において発現量に不満がある時に試してみるとよい。


冷凍ストックからの起こし方
Invitrogenから購入した細胞は30°Cに設定したウォーターバスにて急速解凍。
T75フラスコに培地を11 mL入れ、細胞懸濁液を加えて28°Cでインキュベート。

しかし、僕の条件では細胞は増殖はしているが、ダマダマになり、ほとんどの細胞がフラスコに接着せず浮いている状態。

浮いている細胞を回収し、サスペンションカルチャーにしたところ問題なく増殖。
サスペンションでもHigh Fiveはダマダマになるので、ヘパリンを終濃度10 U/mLになるように培地に添加する。

フラスコに残っていた細胞は一週間ほどでフラスコに接着し、増殖するようになった。
おそらくInvitrogenで販売しているHighFiveはサスペンションカルチャーされている細胞だと思われる。
また、HighFiveはサスペンションから接着に移行するためには馴化する必要があるのだろう。

購入した細胞を起こす時は注意が必要。



]]> cell culture https://ajaja.blog.shinobi.jp/cell%20culture/highfive%20%E7%B4%B0%E8%83%9E%20%E2%91%A0 Sat, 23 May 2015 12:21:15 GMT ajaja.blog.shinobi.jp://entry/30 YosemiteのUSBメモリ起動ディスクの作成法 YosemiteのUSBメモリ起動ディスクの作成法

Yosemiteにアップデートしたので念のため、USBメモリ起動ディスクを作りました。

AppleのHPを参照
https://support.apple.com/ja-jp/HT201372

8GbのUSBメモリをディスクユーティリティでフォーマット。
フォーマットはMac OS 拡張 (ジャーナリング)

ターミナルにて

sudo /Applications/Install\ OS\ X\ Yosemite.app/Contents/Resources/createinstallmedia --volume /Volumes/Yosemite --applicationpath /Applications/Install\ OS\ X\ Yosemite.app


--volume /Volumes/Yosemite のYosemiteはフォーマットした時のUSBメモリの名前に応じて変更する。

以上。

4GbのUSBメモリではできなかったので、容量は4-8Gbの間なのでしょう。




]]> mac https://ajaja.blog.shinobi.jp/mac/yosemite%E3%81%AEusb%E3%83%A1%E3%83%A2%E3%83%AA%E8%B5%B7%E5%8B%95%E3%83%87%E3%82%A3%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%81%AE%E4%BD%9C%E6%88%90%E6%B3%95 Sun, 05 Apr 2015 11:13:11 GMT ajaja.blog.shinobi.jp://entry/29 macのiMessageで改行する方法 macのiMessageで改行する方法


今更ながらMacをLionからYosemiteにアップデート。

試しにiMessageを使ってみたところ、Enterキーで改行しようとしたら、メッセージを送信してしまった。

調べてみたところ

control+shift+enter

で改行できる。

YosemiteはLionとはもう別物。なれるのに少し時間がかかりそう。。。


]]> mac https://ajaja.blog.shinobi.jp/mac/mac%E3%81%AEimessage%E3%81%A7%E6%94%B9%E8%A1%8C%E3%81%99%E3%82%8B%E6%96%B9%E6%B3%95 Sun, 05 Apr 2015 07:07:41 GMT ajaja.blog.shinobi.jp://entry/28