下っ端研究者のメモ

今まで外付けのハードディスクにバックアップを取っていたのですが、うちの無線LANルーターにUSBがあることを思い出し、自家製Timemachineにできないかなと考えました。

ググってみると同じようなことをしている人がたくさん


僕のmacはMacBook Pro 13 inch Mid2009 OSX Lion
ルーターはバッファロー WZR-HP-G302H

まずはこれらのブログを参考にやってみました。

http://crossbreed.tv/archives/200905161230.php
http://garamoba.eshizuoka.jp/e663003.html

この方法でやると最後に「ネットワークバックアップディスクは必要なAFP機能に対応していません。」とでてバックアップできず。

ルーターのファームウエアをアップデートしても同じなので、AFP機能なるものがないルーターでは上記の方法は使えないことがわかりました。検索するとこれで苦労している人が結構います。

で、次はこちらの方法を参考にやってみたらうまくいきました。
http://qiita.com/omochi@github/items/b1932a6dc0bedf01c0c2

まず、外付けHDDを無線ルーターに接続
SafariのURL入力欄に192.168.11.1を入力してAirStationの管理画面へ
NASのディスク管理でHDDの状態を確認
macでフォーマットした状態ではうまくマウントされなかったのでxfsでフォーマットしてあげることでマウント済になりました。macでも認識されました。



次に、ディスクユーティリティーを起動し、新規イメージを作成




イメージフォーマットを「スパースバンドル・ディスクイメージ」にし、
名前は任意 (今回はMBP-TMという名前にしてあります)、サイズはmacのHDDの容量の1.5倍、保存先はデスクトップにしました。
ほかはデフォルトのまま

スパースバンドルを選択すると仮想ディスクに中身が書き込まれるまで容量は大きくならないとのこと。

ここで、取り出すを押してアンマウント
仮想ディスクをNASのHDDへコピー
デスクトップ上の仮想デスクを削除

NASのHDDへコピーした仮想デスクをダブルクリックしてマウント
デスクトップにアイコンがでてくる

ここから、端末を開いてコマンドを入力します

ls /Volumes/

でMBP-TMがマウントされているか確認
続いて

sudo tmutil setdestination /Volumes/MBP-TM/

パスワードを聞かれるので入力

これで MBP-TMをtimemachineのディスクに指定




システム環境設定のTimemachineに入ると、MBP-TMが設定されています。
バックアップを始めると、無事にバックアップの作成が始まります。


ちなみに、僕の環境だとバックアップ作成に1日、、、



次回からは差分のバックアップが保存されるのでもっと早く終わるはずです。

近年、次世代シークエンサーのおかげで非モデル生物においてもトランスクリプトームやゲノム解析が行われています。

トランスクリプトームやゲノム解析の論文がでているのに、NCBIで検索しても配列が全然でてこないことがもっぱらです。

そんなときはseqence read archiveを探してみると論文が出ているものについてはSRAファイルが登録されています。SRAファイルは、要は次世代シークエンサーの出力ファイルです。

ですので、linux マシンがあれば自分で次世代シークエンサーの出力ファイルを解析できれば、必要な情報を得ることができます。特に、ディジェネレートプライマーを使ってホモロジークローニングしようとしている時には非常に強力なデータになります。

SRAファイルは
DDBJのDRA search http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/
NCBIのSRA http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
から検索、ダウンロードできます。

検索してみると意外と使えるデータがあります。


SRAファイルはそのままでは使えないのでSRA tool kitを使ってfastqファイルに変換してあげます。
SRA tool kit はNCBIからダウンロード　http://eutils.ncbi.nih.gov/Traces/sra/?view=software

使い方はWolf Earsとショートリードの憂鬱の記事がわかりやすいです。
http://g86.dbcls.jp/~yag/wordpress/archives/959
http://shortreadbrothers.blogspot.jp/2011/08/sra-toolkit-v212.html

僕のパソコンはcent OSの64bit版なのでそれをダウンロード

tar -xvf sratoolkit.2.3.4-2-centos_linux64.tar

で解凍

SRAファイルをfastqファイルに変換するにはbinの中のfastq-dump
-A で出力するファイルの名前を指定
-split-files でRとFに分けて出力

./bin/fastq-dump -A SRA -split-files SRAfile.sra

これで
SRA.fastq_1
SRA.fastq_2
が出力されます。

あとはこのfastqファイルをアッセンブルしてあげます。
アッセンブルについてはまた今度