BLASTをインストールしたときのメモ (CentOS 6.5)


NCBIからblastをダウンロード
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/

BLAST+ (新しい) というのとlegacy BLAST (古い) というのがあるが、legacy BLASTの2.2.19をダウンロード

BLAST+が僕の使いたいゲノムアノテーションパイプラインに対応していないため、legacy BLASTを使用

ダウンロードしたら解凍

$ cd /home/user
$ tar -xvf blast-2.2.19-x64-linux.tar.gz


~/.bashrc にパスを追加

$ vim ~/.bashrc

export PATH=/home/user/blast-2.2.19/bin:$PATH

$source ~/.bashrc

blastallと打ってみて、下のように表示されればOK

$ blastll　

blastall 2.2.19   arguments:

  -p  Program Name [String]
  -d  Database [String]
    default = nr
  -i  Query File [File In]
    default = stdin
  -e  Expectation value (E) [Real]
    default = 10.0
  -m  alignment view options:



設定ファイルとして

~/.ncbirc を作成し、以下を追加

$ vim ~/.ncbirc

[NCBI]

Data=/home/user/blast-2.2.19/data

[BLAST]

BLASTDB=/home/user/blast-2.2.19/db



ひとまずインストール完了、後はデータベースの作成