MIRA4を使って、RocheのGS FLXを用いたトランスクリプトームデータをアッセンブル。

ダウンロードは
http://mira-assembler.sourceforge.net

インストラクションは
http://mira-assembler.sourceforge.net/docs/DefinitiveGuideToMIRA.html


ダウンロードしたら解凍
tar -xvf mira_4.0_linux-gnu_x86_64_static.tar.bz2
 

MIRA4 から manifest fileでfastqファイルのパスやオプションを指定するようになりました。

細かいオプションはMIRAのインストラクションを参照

ひとまず、project.manifestを作成
中身は

project = projectの名前をお好みで
job = est, denovo, accurate

readgruop = お好みで
data = /home/..../......   fastqファイルの場所を指定
technology = 454

parameters = -NW:ctp=no

これでひとまずOK


あとは、
./mira path/to/project.manifest

で動きます。